傳統治療生殖器疣（菜花）的方法主要是清除疣為主，這些以外科切除治療、塗抹抗腫瘤外用藥物等傳統治療方式，往往有治療過程痛苦、復發率高等問題，而必須至醫療院所持續接受治療，也常讓身染菜花性病的患者備感心理壓力與困擾。
而在傳統療法中，沒有什麼方法可以有效避免造成生殖器疣的主要病因－人體乳突病毒HPV－的感染與複製，或者預防惡性疾病的進展。同時由於生殖器疣周圍的皮膚往往也有無症狀的感染，所以如何針對病毒本身，而不是僅僅清除生殖器疣病灶的治療，是一項重要的課題。
現今治療方式如下：
1)切除治療
•電燒手術
電燒手術是以局部麻醉的方式和手術用的電燒刀燒除生殖器疣，術後局部以抗生素藥膏每天塗抹，約兩星期手術患部可痊癒。根據臨床結果，採用電燒手術的復發率非常高，幾乎達80%以上。而電燒手術有時因醫師臨床經驗不夠，而將海綿體燒壞，久久不能癒合，使患者苦不堪言。
•手術剪除
利用外科手術剪除也是常見的生殖器疣治療方式，剪除是肛周和直腸內疣的有效治療方法，復發率相對較低（一項研究的資料29%），操作方法也很安全，可以在門診局麻下治療。往往可以避免結痂和肛門狹窄。
•冷凍治療
冷凍治療對微小的孤立生殖器疣和肛門疣有效，這種技術包括對疣和附近小範圍區域實行冷凍，待組織被破壞後再以手術刀切除疣。冷凍療法所使用的藥物是液態氮，其副作用包括疼痛和偶發潰瘍。
•雷射燒除
對於較深處的菜花，如尿道內菜花或子宮頸的菜花，藉由二氧化碳雷射蒸發燒除生殖器疣是較合適的治療方式。雷射燒除與其他方法相比的主要優點，是能控制組織破壞的範圍和深度。雷射治療與陰道鏡相結合，可用於治療生殖器疣。但醫生的操作技巧是治療成功的關鍵。
雷射燒除手術的傷口癒合較電燒手術快。這種方法治療時病人往往需要全身麻醉，副作用包括疤痕和疼痛。二氧化碳雷射治療的費用也相當高，但是有健保給付。
2)局部治療
除了以切除治療的方式清除明顯的生殖器疣病徵外，針對範圍較大、或是較小的生殖器疣也有採取以三氯乙酸（TCA）化學燒灼劑，或Podophyllin、Podophyllotoxin或5FU（5-Fluorouracil）等含抗癌成份的藥膏進行治療。
使用這類藥物要非常小心，因有燒灼及腐蝕的功能，若碰到正常的組織，則會有疼痛感，嚴重會整片組織紅腫潰爛，要好幾個星期才會改善。有些病患可能求好心切，自行增加塗抹劑量及次數，結果導致嚴重的後果。因有這些副作用，所以在一般門診使用時，醫師及患者皆要非常小心。
Podophyllin廣泛用於治療外生殖器疣已經有多年歷史，這種藥物的使用也有一些令人擔心的問題。局部反應有時很嚴重，大範圍塗抹則有全身毒性，極少數情況下可能導致死亡。
Podophyllotoxin是Podophyllin的純化物，因為這種藥物可以自己使用。這樣就減少了看醫生的次數。其全身毒性也比Podophyllin少，局部刺激輕微。但是Podophyllin有致畸作用，所以禁用於孕婦，建議妊娠期間也應當避免用Podophyllotoxin。
外用5-FU已普遍用於治療生殖器疣，特別是尿道內病變，用5-FU治療的效果非常好。5-FU還用於治療陰道內生殖器疣，用這種藥物會引起快速增生組織的壞死和脫落，由於其無法忍受的疼痛而限制了它的應用。因5-FU是一種抗代謝藥，通過上皮表面吸收，所以禁用於孕婦。
3)免疫反應類型治療
免疫反應調節劑樂得美乳膏Aldara TM(Imiquimod)
這是一種非切除式以及非組織破壞型的治療，採用的藥物是Imiquimod，Imiquimod屬於免疫反應調節劑的一種。Imiquimod 5%乳膏劑適用於治療男性和女性病人的外生殖器和肛周疣。
此療法的作用機制是誘發細胞激素與介導性免疫系統，可幫助病患產生自體免疫能力來對抗病毒，新一代的『免疫反應調節劑』不會直接對抗HPV病毒，而是誘發先天性免疫系統，促進細胞激素的釋放，使免疫系統認出並對付帶有HPV病毒的異常宿主細胞，因此由細胞增生而成的疣就會自然消退。
此療法與傳統療法最大的差異與優點，就在於此療法為溫和漸進式的治療方法，常見於組織壞死性療法常見的高復發率，再患者採用免疫反應療法時，因可以由誘發人體自身免疫系統抵抗HPV病毒，來達到治療的效果並大幅降低復發率。
尤其是患者可在家依照醫生指示自行塗抹，免除了組織壞死性療法所造成的疼痛、以及無法兼顧病患隱私的困擾。再者乳膏可以局部施藥，對於大範圍的患部而言尤其適合。其價格較貴，且治療期需4~8週是主要缺點。
4)干擾素Intron-A注射治療
干擾素（IFN）能刺激免疫系統，在樂得美乳膏Aldara (Imiquimod)問世以前，是抗病毒治療的唯一方法。干擾素是一類具有抗病毒、抗增生和免疫調節作用的糖蛋白，可以治療HPV感染，用藥方式包括病變部位內注射、和全身皮下注射。
IFN全身用藥有較多副作用，包括：疲勞、發熱、肌肉痛、頭痛、以及血液系統和肝功能試驗的異常。向疣根部注射干擾素（IFN）時有局部疼痛。有些病人（約30%）注射後可能有流行性感冒樣症狀，病變部位內用IFN也需要一週3次的門診治療，因此總體的治療費用也較高，健保不給付。干擾素治療清除外生性疣的效果目前還很有限。
而在傳統療法中，沒有什麼方法可以有效避免造成生殖器疣的主要病因－人體乳突病毒HPV－的感染與複製，或者預防惡性疾病的進展。同時由於生殖器疣周圍的皮膚往往也有無症狀的感染，所以如何針對病毒本身，而不是僅僅清除生殖器疣病灶的治療，是一項重要的課題。
現今治療方式如下：
1)切除治療
•電燒手術
電燒手術是以局部麻醉的方式和手術用的電燒刀燒除生殖器疣，術後局部以抗生素藥膏每天塗抹，約兩星期手術患部可痊癒。根據臨床結果，採用電燒手術的復發率非常高，幾乎達80%以上。而電燒手術有時因醫師臨床經驗不夠，而將海綿體燒壞，久久不能癒合，使患者苦不堪言。
•手術剪除
利用外科手術剪除也是常見的生殖器疣治療方式，剪除是肛周和直腸內疣的有效治療方法，復發率相對較低（一項研究的資料29%），操作方法也很安全，可以在門診局麻下治療。往往可以避免結痂和肛門狹窄。
•冷凍治療
冷凍治療對微小的孤立生殖器疣和肛門疣有效，這種技術包括對疣和附近小範圍區域實行冷凍，待組織被破壞後再以手術刀切除疣。冷凍療法所使用的藥物是液態氮，其副作用包括疼痛和偶發潰瘍。
•雷射燒除
對於較深處的菜花，如尿道內菜花或子宮頸的菜花，藉由二氧化碳雷射蒸發燒除生殖器疣是較合適的治療方式。雷射燒除與其他方法相比的主要優點，是能控制組織破壞的範圍和深度。雷射治療與陰道鏡相結合，可用於治療生殖器疣。但醫生的操作技巧是治療成功的關鍵。
雷射燒除手術的傷口癒合較電燒手術快。這種方法治療時病人往往需要全身麻醉，副作用包括疤痕和疼痛。二氧化碳雷射治療的費用也相當高，但是有健保給付。
2)局部治療
除了以切除治療的方式清除明顯的生殖器疣病徵外，針對範圍較大、或是較小的生殖器疣也有採取以三氯乙酸（TCA）化學燒灼劑，或Podophyllin、Podophyllotoxin或5FU（5-Fluorouracil）等含抗癌成份的藥膏進行治療。
使用這類藥物要非常小心，因有燒灼及腐蝕的功能，若碰到正常的組織，則會有疼痛感，嚴重會整片組織紅腫潰爛，要好幾個星期才會改善。有些病患可能求好心切，自行增加塗抹劑量及次數，結果導致嚴重的後果。因有這些副作用，所以在一般門診使用時，醫師及患者皆要非常小心。
Podophyllin廣泛用於治療外生殖器疣已經有多年歷史，這種藥物的使用也有一些令人擔心的問題。局部反應有時很嚴重，大範圍塗抹則有全身毒性，極少數情況下可能導致死亡。
Podophyllotoxin是Podophyllin的純化物，因為這種藥物可以自己使用。這樣就減少了看醫生的次數。其全身毒性也比Podophyllin少，局部刺激輕微。但是Podophyllin有致畸作用，所以禁用於孕婦，建議妊娠期間也應當避免用Podophyllotoxin。
外用5-FU已普遍用於治療生殖器疣，特別是尿道內病變，用5-FU治療的效果非常好。5-FU還用於治療陰道內生殖器疣，用這種藥物會引起快速增生組織的壞死和脫落，由於其無法忍受的疼痛而限制了它的應用。因5-FU是一種抗代謝藥，通過上皮表面吸收，所以禁用於孕婦。
3)免疫反應類型治療
免疫反應調節劑樂得美乳膏Aldara TM(Imiquimod)
這是一種非切除式以及非組織破壞型的治療，採用的藥物是Imiquimod，Imiquimod屬於免疫反應調節劑的一種。Imiquimod 5%乳膏劑適用於治療男性和女性病人的外生殖器和肛周疣。
此療法的作用機制是誘發細胞激素與介導性免疫系統，可幫助病患產生自體免疫能力來對抗病毒，新一代的『免疫反應調節劑』不會直接對抗HPV病毒，而是誘發先天性免疫系統，促進細胞激素的釋放，使免疫系統認出並對付帶有HPV病毒的異常宿主細胞，因此由細胞增生而成的疣就會自然消退。
此療法與傳統療法最大的差異與優點，就在於此療法為溫和漸進式的治療方法，常見於組織壞死性療法常見的高復發率，再患者採用免疫反應療法時，因可以由誘發人體自身免疫系統抵抗HPV病毒，來達到治療的效果並大幅降低復發率。
尤其是患者可在家依照醫生指示自行塗抹，免除了組織壞死性療法所造成的疼痛、以及無法兼顧病患隱私的困擾。再者乳膏可以局部施藥，對於大範圍的患部而言尤其適合。其價格較貴，且治療期需4~8週是主要缺點。
4)干擾素Intron-A注射治療
干擾素（IFN）能刺激免疫系統，在樂得美乳膏Aldara (Imiquimod)問世以前，是抗病毒治療的唯一方法。干擾素是一類具有抗病毒、抗增生和免疫調節作用的糖蛋白，可以治療HPV感染，用藥方式包括病變部位內注射、和全身皮下注射。
IFN全身用藥有較多副作用，包括：疲勞、發熱、肌肉痛、頭痛、以及血液系統和肝功能試驗的異常。向疣根部注射干擾素（IFN）時有局部疼痛。有些病人（約30%）注射後可能有流行性感冒樣症狀，病變部位內用IFN也需要一週3次的門診治療，因此總體的治療費用也較高，健保不給付。干擾素治療清除外生性疣的效果目前還很有限。
